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Bactéries dans l'aquaponie

1. Bactéries hétérotrophes et minéralisation

   Original publication 2014 · Publié pour la première fois sur FarmHub Learn 2020-07-06 · Food and Agriculture Organization of the United Nations

   Il existe un autre groupe important de bactéries, ainsi que d'autres micro-organismes, impliqués dans l'aquaponie. Ce groupe de bactéries est généralement appelé le groupe hétérotrophique. Ces bactéries utilisent le carbone organique comme source alimentaire et sont principalement impliquées dans la décomposition des poissons solides et des déchets végétaux. La plupart des poissons ne conservent que 30 à 40 % des aliments qu'ils mangent, ce qui signifie que 60 à 70 % de ce qu'ils mangent sont rejetés sous forme de déchets. De ces déchets, 50 à 70 % sont des déchets dissous libérés sous forme d'ammoniac. Cependant, les déchets restants sont un mélange organique contenant des protéines, des glucides, des graisses, des vitamines et des minéraux. Les bactéries hétérotrophes métabolisent ces déchets solides dans un processus appelé minéralisation, qui rend les micronutriments essentiels disponibles pour les plantes en aquaponie (Figure 5.2).

    

   Ces bactéries hétérotrophes, ainsi que certains champignons naturels, aident à décomposer la partie solide des déchets de poisson. Ce faisant, ils libèrent dans l'eau les nutriments enfermés dans les déchets solides. Ce processus de minéralisation est essentiel parce que les plantes ne peuvent pas absorber les nutriments sous forme solide. Les déchets doivent être divisés en molécules simples pour être absorbés par les racines des plantes. Les bactéries hétérotrophes se nourrissent de toute forme de matière organique, comme les déchets solides de poisson, les aliments de poisson non consommés, les plantes mourantes, les feuilles de plantes mourantes et même les bactéries mortes. Il existe de nombreuses sources de nourriture pour ces bactéries dans les unités aquaponiques.

   Les bactéries hétérotrophes nécessitent des conditions de croissance similaires à celles des bactéries nitrifiantes, en particulier dans les concentrations élevées d'OD. Les bactéries hétérotrophes colonisent tous les composants de l'unité, mais sont particulièrement concentrées là où les déchets solides s'accumulent. Les bactéries hétérotrophes se développent beaucoup plus rapidement que les bactéries nitrifiantes, se reproduisant en quelques heures plutôt que quelques jours. Dans les lits médiatiques, les déchets s'accumulent sur le fond, la zone humide en permanence et de nombreuses bactéries hétérotrophes sont trouvées ici. Dans d'autres systèmes, les colonies principales se trouvent sur les filtres et les séparateurs, ainsi que dans les canaux. La minéralisation est importante en aquaponie car elle libère plusieurs micronutriments nécessaires à la croissance des plantes. Sans minéralisation, certaines plantes pourraient éprouver des carences en nutriments et auraient besoin d'engrais supplémentaires.

   Les bactéries hétérotrophes sont aidées dans la décomposition des déchets solides par une communauté d'autres organismes. Souvent, les vers de terre, les isopodes, les amphipodes, les larves et d'autres petits animaux se trouvent dans les systèmes aquaponiques, en particulier dans les milieux médiatiques. Ces organismes travaillent de concert avec les bactéries pour décomposer les déchets solides, et la présence de cette communauté peut empêcher l'accumulation de solides.

   *Source : Organisation des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture, 2014, Christopher Somerville, Moti Cohen, Edoardo Pantanella, Austin Stankus et Alessandro Lovatelli, production alimentaire aquaponique à petite échelle, http://www.fao.org/3/a-i4021e.pdf. Reproduit avec permission. *

2. Les bactéries nitrifiantes et le biofiltre

   Original publication 2014 · Publié pour la première fois sur FarmHub Learn 2020-07-06 · Food and Agriculture Organization of the United Nations

   Le chapitre 2 traite du rôle vital des bactéries nitrifiantes dans l'ensemble du processus aquaponique. Les bactéries nitrifiantes convertissent les déchets de poisson, qui pénètrent dans le système principalement sous forme d'ammoniac, en nitrate, qui est un engrais pour les plantes (figure 5.1). Il s'agit d'un processus en deux étapes, et deux groupes distincts de bactéries nitrifiantes sont impliqués. La première étape consiste à convertir l'ammoniac en nitrite, ce qui est fait par les bactéries oxydantes d'ammoniac (AOB). Ces bactéries sont souvent appelées par le nom de genre du groupe le plus commun, les Nitrosomonas. La deuxième étape consiste à convertir le nitrite en nitrate est effectuée par la bactérie oxydante de nitrite (NOB). Elles sont communément appelées par le nom de genre du groupe le plus commun, le Nitrobacter. Il y a beaucoup d'espèces dans ces groupes, mais aux fins de la présente publication, les différences individuelles ne sont pas importantes, et il est plus utile de considérer le groupe dans son ensemble. Le processus de nitrification se produit comme suit :

   1. Les bactéries AOB convertissent l'ammoniac (NH) en nitrite (NO₂-)

   2. Les bactéries NOB convertissent ensuite le nitrite (NO₂-) en nitrate (NO-)

    

   La nitrification et, par conséquent, une colonie bactérienne saine est essentielle au fonctionnement du système aquaponique. Les bactéries nitrifiantes sont relativement lentes à se reproduire et à établir des colonies, nécessitant des jours et parfois des semaines. Par conséquent, la patience de l'agriculteur est l'un des paramètres de gestion les plus importants lors de l'établissement d'un nouveau système aquaponique. De nombreux aquariums et systèmes aquaponiques ont échoué parce que trop de poissons ont été ajoutés avant que la colonie de bactéries ne soit complètement développée. Il existe plusieurs autres paramètres clés pour soutenir les bactéries nitrifiantes. Généralement, les bactéries ont besoin d'un grand endroit sombre pour se coloniser avec une eau de bonne qualité, une nourriture suffisante et de l'oxygène. Souvent, les bactéries nitrifiantes forment une matrice visqueuse, brun clair ou beige sur le biofiltre, et ont une odeur distinctive difficile à décrire, mais ne sent pas particulièrement grossière qui pourrait indiquer d'autres micro-organismes.

   Superficie élevée

   Le matériau de biofiltration avec une surface spécifique élevée (SSA) est optimal pour développer de vastes colonies de bactéries nitrifiantes. Le SSA est un rapport définissant la surface exposée à partir d'un volume donné de milieux, exprimé en mètres carrés par mètre cube (m2/m3). En général, plus les particules du milieu sont petites et poreuses, plus la surface disponible pour la colonisation des bactéries est grande. Il en résulte une biofiltration plus efficace. De nombreux matériaux de ce type sont utilisés en aquaponie, que ce soit comme milieu de culture ou pour la biofiltration, par exemple le gravier volcanique, l'argile expansée, les boules de biofiltre en plastique commerciales et les racines des plantes. Le tuf volcanique et le Bioballs® considérés dans le présent manuel ont respectivement 300 m2/m3et 600 m2/m3, ce qui est un SSA adéquat pour permettre aux bactéries de prospérer. D'autres caractéristiques et le SSA des différents milieux utilisés en aquaponie sont résumés au tableau 4.1 et à l'annexe 4. Si le matériau du biofiltre n'est pas idéal et a un rapport surface/volume inférieur, alors le biofiltre doit être plus grand. Un biofiltre surdimensionné ne peut pas nuire à un système aquaponique, et bien que des biofiltres trop grands entraîneraient des dépenses inutiles, une capacité de biofiltration excédentaire a sauvé de nombreux systèmes de l'effondrement.

   pH de l'eau

   Les bactéries nitrifiantes fonctionnent adéquatement à travers une plage de pH de 6-8,5. Généralement, ces bactéries fonctionnent mieux à un pH plus élevé, le groupe Nitrosomonas préférant un pH de 7,2 à 7,8, et le groupe Nitrobacter préférant un pH de 7,2 à 8,2. Cependant, le pH cible pour l'aquaponie est de 6-7, ce qui constitue un compromis entre tous les organismes de cet écosystème. Les bactéries nitrifiantes fonctionnent adéquatement dans cette plage, et toute diminution de l'activité bactérienne peut être compensée par un biofiltre plus grand.

   Température de l'eau

   La plage de température optimale pour les bactéries nitrifiantes est de 17 à 34 °C, ce qui favorise la croissance et la productivité. Si la température de l'eau descend en dessous de cette plage, la productivité de la bactérie aura tendance à diminuer. En particulier, le groupe Nitrobacter est moins tolérant que le groupe Nitrosomonas et, en tant que tel, pendant les périodes plus froides, le nitrite devrait être surveillé plus attentivement pour éviter les accumulations nocives.

   Oxygène dissous

   Les bactéries nitrifiantes ont besoin de niveaux adéquats d'OD dans l'eau en tout temps pour se développer sainement et maintenir des niveaux élevés de productivité. La nitrification est une réaction de réduction/oxydation (redox), où les bactéries tirent l'énergie nécessaire pour vivre lorsque l'oxygène est combiné à l'azote. Les concentrations optimales d'OD sont de 4 à 8 mg/litre, ce qui est également le niveau requis pour les poissons et les plantes. La nitrification ne se produit pas si la concentration d'OD descend en dessous de 2 mg/litre. Assurer une biofiltration adéquate en consacrant l'aération au biofiltre, soit par des cycles d'inondation et de vidange dans les lits de média, des pierres d'air dans les biofiltres externes, soit par la mise en cascade de conduites de retour d'eau vers les canaux et les réservoirs de puisard.

   Lumière UV

   Les bactéries nitrifiantes sont photosensibles jusqu'à ce qu'elles établissent complètement une colonie, et la lumière du soleil peut causer des dommages considérables au biofiltre. Les lits médiatiques protègent déjà les bactéries de la lumière du soleil ; mais si vous utilisez un biofiltre externe, assurez-vous de la garder à l'ombre de la lumière directe du soleil.

   Surveillance de l'activité bactérienne

   Si tous ces cinq paramètres sont respectés, il est sûr de supposer que les bactéries sont présentes et fonctionnent correctement. Cela dit, les bactéries sont si importantes pour l'aquaponie qu'il vaut la peine de connaître la santé globale des bactéries à tout moment. Cependant, les bactéries sont des organismes microscopiques, et il est impossible de les voir sans un microscope. Il existe une méthode simple pour surveiller la fonction bactérienne ; les tests de dépistage de l'ammoniac, du nitrite et du nitrate fournissent des informations sur la santé de la colonie bactérienne. L'ammoniac et le nitrite doivent toujours être de 0 à 1 mg/litre dans une unité aquaponique fonctionnelle et équilibrée. Si l'un ou l'autre est détectable, cela indique un problème avec la bactérie nitrifiante. Il y a deux raisons communes possibles pour que cela se produise. Tout d'abord, le biofiltre est trop petit pour la quantité de poissons et d'aliments pour poissons. Par conséquent, il y a un déséquilibre et il y a trop de poissons. Pour rectifier, soit augmenter la taille du biofiltre, soit réduire le nombre de poissons, soit le régime d'alimentation du poisson. Parfois, ce problème peut se produire lorsque le système a commencé à être équilibré lorsque les poissons étaient plus petits, mais il est progressivement déséquilibré au fur et à mesure que les poissons grandissent et ont été nourris davantage avec le biofiltre de même taille. Deuxièmement, si le système est équilibré en taille, alors les bactéries elles-mêmes peuvent ne pas fonctionner correctement. Cela pourrait indiquer un problème avec la qualité de l'eau, et chaque paramètre énuméré ci-dessus devrait être vérifié. Souvent, cela peut se produire pendant les saisons hivernales lorsque la température de l'eau commence à baisser et que l'activité bactérienne ralentit.

   *Source : Organisation des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture, 2014, Christopher Somerville, Moti Cohen, Edoardo Pantanella, Austin Stankus et Alessandro Lovatelli, production alimentaire aquaponique à petite échelle, http://www.fao.org/3/a-i4021e.pdf. Reproduit avec la permission. *

3. Cyclisme du système et démarrage d'une colonie de biofiltres

   Original publication 2014 · Publié pour la première fois sur FarmHub Learn 2020-07-06 · Food and Agriculture Organization of the United Nations

   Le cycle du système est un terme qui décrit le processus initial de construction d'une colonie bactérienne lors du premier démarrage d'un RAS, y compris une unité aquaponique. Dans des circonstances normales, cela prend 3 à 5 semaines ; le cyclisme est un processus lent qui exige de la patience. Dans l'ensemble, le processus consiste à introduire constamment une source d'ammoniac dans l'unité aquaponique, à alimenter la nouvelle colonie bactérienne et à créer un biofiltre. Les progrès sont mesurés en surveillant les niveaux d'azote. Généralement, le cyclisme a lieu une fois qu'un système aquaponique est construit, mais il est possible de donner une longueur d'avance au biofiltre lors de la création d'un nouveau système aquaponique. Il est important de comprendre que pendant le cycle, il y aura des niveaux élevés d'ammoniac et de nitrite, qui pourraient être nocifs pour les poissons. En outre, assurez-vous que tous les composants aquaponiques, en particulier le biofiltre et le réservoir à poisson, sont protégés de la lumière directe du soleil avant de commencer le processus.

   Une fois introduit dans l'unité, l'ammoniac devient une source de nourriture initiale pour l'AOB, dont quelques-unes sont naturellement présentes et recrutent eux-mêmes dans le système. Ils peuvent être trouvés sur terre, dans l'eau et dans l'air. Dans les 5 à 7 jours suivant la première addition d'ammoniac, l'AOB commence à former une colonie et commence à oxyder l'ammoniac en nitrite. L'ammoniac doit être ajouté de façon continue, mais prudente, pour assurer une nourriture suffisante à la colonie en développement sans devenir toxique. Après 5 à 7 jours, les niveaux de nitrite dans l'eau auront commencé à augmenter, ce qui à son tour attire le NOB. À mesure que les populations de NOB augmentent, les concentrations de nitrites dans l'eau commenceront à diminuer à mesure que le nitrite est oxydé en nitrate. Le procédé complet est illustré à la figure 5.3, qui montre les tendances de l'ammoniac, du nitrite et du nitrate dans l'eau au cours des 20 à 25 premiers jours de cycle.

    

   La fin du cycle est définie comme lorsque la teneur en nitrate augmente régulièrement, que la teneur en nitrite est de 0 mg/litre et que la teneur en ammoniac est inférieure à 1 mg/litre. Dans de bonnes conditions, cela prend environ 25 à 40 jours, mais si la température de l'eau est fraîche, le cycle complet peut prendre jusqu'à deux mois pour terminer. À ce stade, une colonie bactérienne suffisante s'est formée et est en train de convertir activement l'ammoniac en nitrate. La raison pour laquelle ce processus est long est que les bactéries nitrifiantes se développent relativement lentement, nécessitant 10 à 15 heures pour doubler dans la population. Cependant, certaines bactéries hétérotrophes peuvent doubler en seulement 20 minutes.

   Les détaillants d'aquariophilie ou d'aquaculture vendent divers produits contenant des bactéries nitrifiantes vivantes (dans une bouteille). Une fois ajoutés à l'unité, ils colonisent immédiatement un système, évitant ainsi le processus de cyclisme expliqué ci-dessus. Cependant, ces produits peuvent être coûteux ou indisponibles et, en fin de compte, inutiles, car le processus de cycle peut être réalisé à l'aide de moyens organiques. Alternativement, si un autre système aquaponique est disponible, il est extrêmement utile de partager une partie du biofiltre comme une graine de bactéries pour le nouveau système. Cela réduit considérablement le temps nécessaire au cyclisme du système. Il peut également être utile de commencer séparément un milieu biofiltrant en continu une solution contenant 2-3 mg/litre d'ammoniac pendant quelques semaines à l'avance. Le média fonctionnerait alors comme un apprêt en l'intégrant simplement dans le nouveau biofiltre aquaponique. Il est possible de construire un système de ramassage simple en suspendant une large caisse en plastique de milieu au-dessus d'un petit réservoir contenant la solution d'ammoniac qui circule par une petite pompe d'aquarium.

   Beaucoup de gens utilisent le poisson comme source originale d'ammoniac dans un nouveau réservoir. Cependant, ces poissons subissent les effets d'une forte teneur en ammoniac et en nitrite tout au long du cycle. De nombreux nouveaux aquariophiles n'ont pas la patience de permettre à un char de rouler complètement et le résultat est que le nouveau poisson meurt, communément appelé « syndrome du nouveau bassin ». En cas d'utilisation de poissons, il est recommandé d'utiliser une très faible densité d'ensemencement (≤ 1 kg/m3). Au lieu d'utiliser du poisson, il existe d'autres sources de cet ammoniac initial pour commencer à alimenter la colonie de biofiltres. Parmi les sources possibles, mentionnons les aliments pour poissons, les déchets animaux stérilisés, les engrais au nitrate d'ammonium et l'ammoniac pur. Chacune de ces sources a des effets positifs et négatifs, et certaines sources sont beaucoup meilleures et plus sûres à utiliser que d'autres.

    

   La meilleure source d'ammoniac est la nourriture finement broyée parce qu'il s'agit d'un produit biologiquement sûr et qu'il est relativement facile de contrôler la quantité d'ammoniac ajoutée (figure 5.4). Assurez-vous d'utiliser uniquement des aliments pour poissons frais, intacts et exempts de maladies. Les déchets de poulet, bien qu'ils soient une excellente source d'ammoniac, peuvent être très risqués et peuvent introduire des bactéries dangereuses dans le système aquaponique (figure 5.5). Escherichia coli et Salmonella spp. se trouvent couramment dans le fumier de poulet et d'autres animaux et, par conséquent, tout fumier doit être stérilisé avant utilisation. Les produits d'ammoniac domestiques peuvent être utilisés, mais assurez-vous que le produit est 100 % d'ammoniac et qu'il ne comprend pas d'autres ingrédients tels que des détergents, des colorants ou des métaux lourds qui pourraient ruiner l'ensemble du système. Une fois que la source d'ammoniac a été choisie, il est important d'ajouter l'ammoniac lentement et régulièrement et de surveiller les niveaux d'azote tous les deux ou trois jours (figure 5.6). Il est utile d'enregistrer les niveaux sur un graphique pour suivre le processus du cyclisme. Il est important de ne pas ajouter trop d'ammoniac, et il vaut mieux en avoir un peu trop peu que trop. La concentration cible est de 1-2 mg/litre. Si jamais les concentrations d'ammoniac dépassent 3 mg/litre, il est nécessaire de procéder à un échange d'eau pour diluer l'ammoniac afin de l'empêcher d'inhiber les bactéries.

    

   Ajout de poissons et de plantes pendant le processus de cyclisme

   Les plantes et les poissons ne doivent être ajoutés qu'une fois le cycle terminé. On peut ajouter des plantes un peu plus tôt, mais on s'attend à des carences en nutriments chez ces premières plantes au cours de cette période parce que d'autres nutriments prennent du temps pour atteindre des concentrations optimales (figure 5.7).

    Le diagramme n’est pas disponible dans cette copie migrée ; consultez l’édition originale.

   Ce n'est qu'une fois que les concentrations d'ammoniac et de nitrite sont inférieures à 1 mg/litre qu'il est possible de commencer à empocher les poissons en toute sécurité. Commencez toujours à empocher le poisson lentement. Une fois les poissons ensemencés, il n'est pas rare de voir un pic secondaire et plus petit d'ammoniac et de nitrite. Cela se produit si l'ammoniac créé à partir des poissons nouvellement ensemencés est beaucoup plus élevé que les quantités journalières d'ammoniac ajoutées au cours du cycle. Continuer de surveiller les niveaux des trois types d'azote et être prêt à effectuer des échanges d'eau si les niveaux d'ammoniac ou de nitrite augmentent au-dessus de 1 mg/litre pendant que le système continue de fonctionner.

   *Source : Organisation des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture, 2014, Christopher Somerville, Moti Cohen, Edoardo Pantanella, Austin Stankus et Alessandro Lovatelli, production alimentaire aquaponique à petite échelle, http://www.fao.org/3/a-i4021e.pdf. Reproduit avec permission. *

4. Les bactéries indésirables

   Original publication 2014 · Publié pour la première fois sur FarmHub Learn 2020-07-06 · Food and Agriculture Organization of the United Nations

   Bactéries réduisant les sulfates

   Les bactéries nitrifiantes et minéralisantes sont utiles pour les systèmes aquaponiques, mais d'autres types de bactéries sont nocives. L'un de ces groupes nuisibles de bactéries est le groupe réducteur de sulfate. Ces bactéries se trouvent dans des conditions anaérobies (pas d'oxygène), où elles obtiennent de l'énergie par une réaction redox utilisant du soufre. Le problème est que ce procédé produit du sulfure d'hydrogène (H2S), qui est extrêmement toxique pour les poissons. Ces bactéries sont communes, présentes dans les lacs, les marais salants et les estuaires du monde entier, et font partie du cycle naturel du soufre. Ces bactéries sont responsables de l'odeur des œufs pourris, ainsi que de la couleur gris-noir des sédiments. Le problème en aquaponie réside dans le fait que les déchets solides s'accumulent à un rythme plus rapide que les bactéries hétérotrophes et la communauté associée peuvent les traiter et les minéraliser efficacement, ce qui peut à son tour conduire à des conditions anoxiques purulentes qui soutiennent ces bactéries réductrices de sulfate. Dans les systèmes à haute densité de poissons, les poissons produisent tellement de déchets solides que les filtres mécaniques ne peuvent pas être nettoyés assez rapidement, ce qui encourage ces bactéries à se multiplier et à produire leurs métabolites nocifs. Les grands systèmes aquaponiques contiennent souvent un réservoir de dégazage où le sulfure d'hydrogène peut être rejeté en toute sécurité dans l'atmosphère. Le dégazage n'est pas nécessaire dans les systèmes à petite échelle. Cependant, même dans les systèmes à petite échelle, si une odeur grossière est détectée, rappelant des œufs pourris ou des eaux usées brutes, il est nécessaire de prendre des mesures de gestion appropriées. Ces bactéries ne poussent que dans des conditions anoxiques, afin de les prévenir, assurez-vous de fournir une aération adéquate et d'augmenter la filtration mécanique pour empêcher l'accumulation de boues.

   Dénitrifier les bactéries

   Un deuxième groupe de bactéries indésirables sont les responsables de la dénitrification. Ces bactéries vivent également dans des conditions anaérobies. Ils convertissent le nitrate, qui est l'engrais convoité pour les plantes, en azote atmosphérique qui n'est pas disponible pour les plantes. Ces bactéries sont également communes dans le monde entier et sont importantes à part entière (voir figure 2.4). Cependant, dans les systèmes aquaponiques, ces bactéries peuvent diminuer l'efficacité en éliminant efficacement l'engrais azoté. C'est souvent un problème avec les grands lits DWC qui ne sont pas suffisamment oxygénés. Un problème pourrait être suspecté lorsque les plantes présentent des signes de carence en azote malgré l'équilibre du système, et lorsqu'il y a une très faible concentration de nitrates dans l'eau. Examiner les zones possibles dans les canaux DWC qui ne circulent pas correctement, et augmenter encore l'aération avec des pierres d'air.

   Certains grands systèmes aquaponiques utilisent délibérément la dénitrification. Le rapport de débit alimentaire équilibre les nutriments des plantes, mais entraîne généralement des niveaux élevés de nitrates. Ce nitrate peut être dilué lors des échanges d'eau (suggéré dans cette publication pour les systèmes à petite échelle). Alternativement, la dénitrification contrôlée peut être encouragée dans le filtre mécanique. Cette technique nécessite une attention particulière et un dégazage, et n'est pas recommandée pour les petits systèmes. Vous trouverez de plus amples renseignements dans la section « Autres lectures ».

   Bactéries pathogènes

   Un dernier groupe de bactéries indésirables sont celles qui causent des maladies chez les plantes, les poissons et les humains. Ces maladies sont traitées séparément dans d'autres parties de la présente publication, les chapitres 6 et 7 traitant respectivement de la maladie des plantes et du poisson et de la section 8.6 traitant de la sécurité humaine. Dans l'ensemble, il est important qu'il existe de bonnes pratiques agricoles (BPA) qui atténuent et minimisent le risque de maladies bactériennes dans les systèmes aquaponiques. Empêcher les agents pathogènes d'entrer dans le système en assurant une bonne hygiène des travailleurs ; en empêchant les rongeurs de déféquer dans le système ; en éloignant les mammifères sauvages (ainsi que les chiens et les chats) des systèmes aquaponiques ; en évitant d'utiliser de l'eau contaminée ; et en sachant que tout aliment vivant peut être un vecteur d'introduction d'étrangers micro-organismes dans le système. Il est particulièrement important de ne pas utiliser la collecte d'eau de pluie sur les toits avec des excréments d'oiseaux à moins que l'eau ne soit traitée en premier. Le principal risque associé aux animaux à sang chaud est l'introduction de Escherichia coli, et les oiseaux portent souvent Salmonella spp. ; des bactéries dangereuses peuvent pénétrer dans le système avec des excréments d'animaux. Deuxièmement, après la prévention, ne laissez jamais l'eau aquaponique entrer en contact avec les feuilles des plantes. Cela évite de nombreuses maladies des plantes ainsi que la contamination potentielle de l'eau du poisson pour les produits humains, surtout si le produit doit être consommé cru. Toujours laver les légumes avant consommation, aquaponique ou autre. Généralement, le bon sens et la propreté sont les meilleurs gardes contre les maladies de l'aquaponie. D'autres sources pour la salubrité des aliments aquaponiques sont fournies tout au long de la présente publication et dans la section « Autres lectures ».

   *Source : Organisation des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture, 2014, Christopher Somerville, Moti Cohen, Edoardo Pantanella, Austin Stankus et Alessandro Lovatelli, production alimentaire aquaponique à petite échelle, http://www.fao.org/3/a-i4021e.pdf. Reproduit avec la permission. *